El municipio de General Zaragoza se localiza al sur del estado, dentro de la región montañosa de la Sierra Madre Oriental. Su territorio se caracteriza por un relieve accidentado con sierras, cañones, laderas y elevaciones de gran altitud que forman paisajes naturales unicos. Debido a estas condiciones, el clima cambia dependiendo de la altura: en las zonas bajas suele ser templado semiseco, mientras que en las partes altas se presentan temperaturas más frías y con mayor humedad. El municipio forma parte de una de las regiones con mayor riqueza natural del estado gracias a la combinación de bosques, montañas y cuerpos de agua. En las partes bajas predominan matorrales y vegetación semidesértica, mientras que en las zonas montañosas se desarrollan bosques de pino, encino y pino-encino, acompañados por especies como madroños, cedros y diversas plantas herbáceas.

Estos ecosistemas sirven de refugio para una gran variedad de fauna silvestre. Entre los animales que pueden encontrarse destacan venado cola blanca, oso negro, puma, gato montés, zorra gris, jabalí y pequeños mamíferos de montaña. También habitan numerosas aves como águilas, halcones, búhos y aves canoras, además de reptiles y anfibios asociados a zonas húmedas y boscosas. Uno de los elementos naturales más importantes del municipio es la presencia de múltiples arroyos, manantiales y cuerpos de agua que nacen en la Sierra Madre Oriental y que mantienen húmedos los bosques y valles de la región.